从  3年前开始，南京市博物馆对南京大报恩寺遗址进行全面系统的考古挖掘，先后发现并清理明代大报恩寺的香水河桥、中轴线主干道、天王殿、大殿、观音殿、法堂以及始建于北宋大中祥符四年(1011年)的长干寺真身塔地宫等重要遗迹，出土了以七宝阿育王塔、金棺银椁为代表的大批珍贵文物，取得了重要的考古收获。

　　大报恩寺位于南京城南中华门外古长干里，遗迹得名于明代兴建的皇家寺院——大报恩寺。该遗址所在地佛教文化起源很早，三国孙吴时期，这里就建有佛教阿育王塔。随后近2000年时间里，大报恩寺经历多次毁灭和重建。1856年，大报恩寺、塔毁于太平天国兵火。

　　2007  年初，经国家文物局批准，市博物馆分3期对大报恩寺进行发掘，历经3年考古，对遗址总体布局和主要建筑情况基本考察清楚。考古工作分两阶段进行，第一阶段发掘区偏于大报恩寺中轴线南侧，发掘面积1100平方米，共发掘西汉至南唐时期墓葬30座，六朝至明代建筑基址3处，宋代路面1道，明代柱坑17个，水井  2口，出土汉、六朝、唐、五代、宋、元、明等各时期遗物600余件。    

　　第二阶段考古工作从2007年9月持续至今，主要沿大报恩寺北区中轴线进行，先后发现并清理香水河桥、天王殿、塔基、观音殿等遗址，对中轴线两侧分布的御碑、画廊等建筑也进行了清理，发掘面积12000平方米。

　　在塔基的中心为圆形地宫，根据塔基与地宫的建造方法、埋藏情况，以及出土器物的铭文、时代特征，可以明确该塔基与地宫始建年代为北宋大中祥符四年(1011  年)，原为长干寺真身塔的塔基与地宫。其中出土的石函北壁石板镌刻长篇铭文，题为“金陵长干寺真身塔藏舍利石函记”。石函内有一座铁函，高1.3米，宽  0.5米，是国内目前佛塔地宫发现的最大铁函。铁函内有七宝阿育王塔、金棺银椁及佛顶骨舍利等重要圣物。

　　6月12日，佛顶骨舍利在栖霞寺法堂盛世重光，在国内外引起轰动。